Die St. Markus Kirche in der Salzburger Altstadt, Teil des Weltkulturerbes, wurde unter Erzbischof Johann Ernst Graf Thun an Stelle der 1616-1618 errichteten und durch den großen Bergsturz von 1669 zerstörten Kirche in den Jahren 1699-1705 erbaut und dem Orden der Ursulinen übergeben. Das an die Kirche angebaute Kloster wurde 1720 vollendet.
Die Urheberschaft Johann Bernhard Fischers von Erlach ist archivalisch nicht nachweisbar, aus stilistischen Gründen jedoch außer Zweifel.
Der Zentralbau mit Kreuzarmen und Flachkuppel, die Türme mit fast flachem Dach sind seitlich hinter die Fassade zurückgesetzt. Reiche Stuckaturen, die Deckenfresken von Christoph Anton Mayr (1756). Altäre aus rotem und rosa Marmor mit Bildern von Martin Schaumberger (1705). Kanzel aus Stuck mit von Putten getragenen Medaillons.
1957 wurde das Kloster samt Klosterschule nach Glasenbach bei Salzburg verlegt. Die Kirche wurde als Rektorat von der Erzdiözese Salzburg übernommen. Der Großteil der ehemaligen Schule bilden nun die Räumlichkeiten des Hauses der Natur. Die zum Rektorat gehörenden Räumlichkeiten in der Gstättengasse und der Markussaal unter der Kirche werden an das StuZ (StudentInnenzentrum der Katholischen Jugend, heute YoCo) vermietet. Die rektoratseigenen Räumlichkeiten befinden sich am Franz-Josef-Kai.
Die St. Markus Kirche wird seit Beginn seines Bestehens von Setzungsschäden bedroht, da das Fundament zum Teil auf Schwemmsand und zum Teil auf Resten historischer Uferverbauung ruht. So musste die gesamte Kirche im Jahr 1973 wegen akuter Einsturzgefahr für den Besuch gesperrt werden.
Die vorbildliche Hilfe der Erzdiözese Salzburg, des Landes, der Stadt Salzburg, des Bundes und privater Initiativen erhielt die St. Markus Kirche der Nachwelt. Die Kosten der Stabilisierung des Fundaments betrugen ca. ATS 20.000.000,–.
Im Jahre 1999 wurde dieses Gotteshaus der Ukrainisch Griechisch-Katholischen Kirche zur Verfügung gestellt.
Im August 2000 wurde nach Entwürfen von Bohdan Turetsky, akad. Maler aus Lemberg, Ukraine, eine Ikonostas auf der bestehenden Kommunionsbank aufgebaut. Die Schnitzarbeiten sind in massiver Eiche gefertigt, die Ikonen massives Lindenholz mit Tempera – nur Naturpigmente fanden Verwendung – auf Kreidegrund. Dabei wurde darauf geachtet, dass die Ikonostas in das Gesamtbild der Kirche vollständig hineinpasst. Künstlerisches Ziel war es, dass die Ikonostas so aussieht, als ob sie schon immer in der Kirche gewesen sei. Dank der fachkundigen Beratung und Mitarbeit des Diözesankonservators Prof. Dr. Johannes Neuhardt, der großzügigen finanziellen Unterstützung der Stadt Salzburg und vieler privater Spender ist dies auch auf vorbildliche Weise gelungen.
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